A Fundação Educacional Inaciana "Pe. Sabóia de Medeiros" - FEI foi criada em 1945 pelo Pe. Roberto Sabóia de Medeiros, S.J., tendo a colaboração de vários instituidores, com a denominação de Fundação de Ciências Aplicadas, e está vinculada estatutariamente à Companhia de Jesus, responsável por sua orientação, sempre à luz dos princípios cristãos da defesa da Fé, da promoção da Justiça, da dignidade humana e dos valores éticos.
Em janeiro de 2002, dentro de uma proposta de integração e de agregação de competências, visando a excelência de seus cursos, suas instituições de ensino superior mantidas foram transformadas no Centro Universitário da FEI, conforme aprovação do MEC, através da Portaria nº 2574, de 4 de dezembro de 2001.
A FEI, através de seus cursos, já formou, ao longo de sua existência, mais de 35.000 profissionais, entre engenheiros , administradores de empresas e profissionais da área de informática.
A antiga Faculdade de Engenharia Industrial - FEI nasceu da intuição e da coragem do Pe. Sabóia de Medeiros, S.J. (1905-1955) que, no início da década de 40, anteviu o crescimento econômico brasileiro e a necessidade de engenheiros para a indústria. Daí, o adjetivo Industrial então atribuído à Faculdade de Engenharia.
Autorizada a funcionar pelo Decreto Presidência nº. 20.942, de 9 de abril de 1946, iniciou suas atividades em 20 de maio de 1946, com 50 vagas na modalidade Engenharia Química, em São Paulo. No mesmo ano, em 22 de agosto, a FEI e outras faculdades constituíram a Pontifícia Universidade Católica de São Paulo. No final de 1971, a FEI desligou-se da PUC, voltando à condição de instituição isolada de ensino superior.
Em 1969, o Pe. Aldemar Moreira, S.J. foi nomeado para a Presidência da FEI, cargo em que permaneceu até julho de 1997. A FEI é atualmente presidida pelo educador e sacerdote jesuíta, o Pe. Theodoro Paulo Severino Peters, S.J.
No campus de São Paulo, o Centro Universitário da FEI, mantém o Departamento de Administração, antiga Escola Superior de Administração de Negócios de São Paulo - ESAN/SP, a primeira escola de Administração do País.
Fundada em 1941 pelo Pe. Roberto Sabóia de Medeiros, a ESAN/SP marcou o início formal dos estudos específicos de Administração. Como não existia nenhuma Faculdade desse tipo no Brasil, Pe. Sabóia usou como modelo a "Graduate School of Business Administration" da Universidade de Harvard.
Em 28 de janeiro de 1961, o então Presidente da República Juscelino Kubitschek de Oliveira assinou o decreto que tornou a ESAN a primeira Escola Superior de Administração de Empresas do país a ser reconhecida e oficializada pelos poderes públicos. O mesmo decreto reconheceu a validade dos diplomas dos alunos formados a partir de 1941.
O Departamento de Administração de São Bernardo do Campo, antiga Escola Superior de Administração de Negócios de São Bernardo do Campo - ESAN/SBC foi criada, em 1965, com o propósito de suprir as necessidades geradas pela industrialização, que continuava a se expandir naquela cidade.
Além dos cursos de graduação, estes Departamentos oferecem cursos de pós-graduação em nível de especialização e cursos de extensão.
O Departamento de Informática, antiga Faculdade de Informática - FCI iniciou suas atividades em março de 1999 e possui atualmente 398 alunos no Curso de Ciência da Computação.
O Instituto de Pesquisas e Estudos Industriais - IPEI iniciou suas atividades em 1975. Desenvolve e transfere tecnologia ao setor produtivo, por meio de assessoria, projetos e serviços tecnológicos, ensaios e análises, nas áreas Mecânica, Química, Eletro-Eletrônica, Têxtil e Metalúrgica, constituindo elo com a indústria.
Tendo como função precípua a promoção do aprimoramento profissional no campo administrativo e tecnológico, o Instituto de Especialização em Ciências Administrativas e Tecnológicas - IECAT, criado em 1982, para organizar e ministrar cursos de pós-graduação latu-sensu e cursos de extensão. A partir do segundo semestre de 1997, o IECAT passou a contar também com instalações em São Paulo, ampliando suas atividades.
Na mesma linha de integração das atividades de apoio à indústria, a Fundação assumiu a administração da Escola Volkwagen, mantendo curso de formação acadêmica e profissional, capacitando pessoas na própria planta da empresa.